Kako je saopštila ova služba, većina rijeka na području Federacije BiH je zagađena nizvodno od većih gradova i naselja, budući da se otpadne vode ispuštaju u vodotoke uglavnom bez ikakvog prečiščavanja.  Korita rijeka su veoma često i mjesta za odlaganje čvrstog otpada, što dodatno utiče na zagađenje. Vodotoci imaju prirodnu moć samoprečišćavanja, pa male količine čvrstog i tečnog otpada ne predstavljaju problem, odnosno ne mogu dovesti do znatnijeg narušavanja kvaliteta riječne vode, ali u slučajevima kada se u rijeke izlivaju velike količine neprečišćenih otpadnih voda, kao što je kod nas slučaj, dolazi do znatnog poremećaja prirodne ravnoteže i zagađenja vodotoka koji predstavljaju opasnost po zdravlje stanovništva, upozorila je Služba. 

Veliki broj štetnih bakterija potiče iz ljudskih i životinjskih ekskreta (kanalske vode), dok hemijsko zagađenje potiče uglavnom od industrije.  U ljetnim mjesecima, zbog smanjenog vodostaja, povećava se količina organskih materija u vodotocima, zbog čega nije preporučljivo njihovo korištenje u rekreacione svrhe. Do štetnih efekata na zdravlje dolazi najčešće po tipu fekalno-oralne infekcije, odnosno usta predstavljaju ulazno mjesto infekcije (jer se ta voda često puta i popije), a do infekcije dolazi i preko očiju (konjunktivitis), ušiju, nosa i kože. 

Služba za promociju zdravlja naglasila je da veliki problem predstavlja i zastarjelost zakonske regulative, koja ne odgovara zahtjevima Evropske unije (EU) i ne omogućava u potpunosti praćenje parametara zagađenja koji su obavezni dio monitoringa u sezoni kupanja. Zbog svega ovoga, ali i činjenice da je kontrola vode rijeka i jezera na mikrobiološku i hemijsku ispravnost nedovoljna, preporučuje se kupanje u bazenima čiju vodu kontrolišu nadležni kantonalni zavodi za javno zdravstvo. 

U većini javnih bazena voda se kontroliše najmanje dva puta mjesečno na fizičko-hemijsku ispravnost i najmanje dva puta sedmično na mikrobiološku ispravnost. Dobiveni fizičko-hemijski i mikrobiološki parametri zdravstvene ispravnosti bazenske vode moraju odgovarati vrijednostima koje propisuje Pravilnik o zdravstvenoj ispravnosti vode za piće, kaže se u saopštenju.