Na osnovu prosječne količine otpada koju proizvedu zdravstvene ustanove, a koja se kreće dnevno između 2,41 i 3,26 kg po "krevetu" od čega između 0,19 i 0,88 kg je infektivni otpad, te podataka o broju dana hospitalizacije, može se procijeniti godišnja proizvedena količina medicinskog otpada. Uzimajući u obzir broj dana hospitalizacije u 2009. godini, koji je iznosio 3.259.977, te prosječnu količinu proizvedenog otpada, procijenjena količina otpada iz zdravstvenih ustanova je u 2009. godini iznosila 8.150 tona, od čega je 650 tona infektivni otpad.
Pravilnici o upravljanju medicinskim otpadom u FBiH i RS obavezuju zdravstvene ustanove da imenuju tijelo odgovorno za tretiranje medicinskog otpada, izrade planove upravljanja medicinskim otpadom, odvajaju otpad, a infektivni otpad tretiraju toplotnom ili hemijskom sterilizacijom na licu mjesta (UN Ekonomska komisija za Evropu, 2011). Međutim, ti propisi se još uvijek veoma sporo provode, navodi se u Izvještaju o stanju okoliša u BiH za 2012. godinu.
Dalje se navodi da se medicinski otpad u FBiH dijelom sterilizira, topi i spaljuje, te predaje firmama koje su ovlaštene za odlaganje opasnog otpada ili ga, u najgorem slučaju, prikupljaju komunalna preduzeća. Neopasni medicinski otpad se uglavnom predaje komunalnim preduzećima zajedno s miješanim komunalnim otpadom, dok se manji dio sterilizira ili autoklavira.
Jedan broj zdravstvenih ustanova u BiH vrši kontrolirano spaljivanje medicinskog otpada, kaže se u Izvještaju. lako su glavne klinike u Sarajevu i Banjoj Luci ostvarile napredak ka sigurnijem upravljanju medicinskim otpadom, još uvijek postoji značajan rizik po zdravlje stanovnika u BiH.
Agencija i zavodi za statistiku u BiH na godišnjem nivou objavljuju podatke o otpadu koji nastaje kod zaštite zdravlja ljudi i životinja i/ili srodnih istraživanja (kao dio ukupno proizvedenog otpada iz proizvodnih aktivnosti, ali ti podaci nisu reprezentativni. Agencija za statistiku BiH je saopćila da je ukupno 14 tona otpada proizvedeno u zdravstvenom sektoru, od čega nijedan dio ne otpada na opasan otpad. Nedostatak statističkih podataka je uglavnom posljedica nepostojanja registra proizvedenog medicinskog otpada, zaključak je u Izvještaju o stanju okoliša u BiH.
